Le HCR facilite l'accès aux soins de santé de base pour les réfugiés grâce aux cliniques des camps et aux prestataires de soins locaux. Les services de santé prioritaires comprennent les soins médicaux d'urgence pour ceux qui ont subi des violences, les services de santé sexuelle et génésique ainsi que les traitements pour les nourrissons et les personnes âgées.

Le HCR coordonne également les programmes de vaccination pour prévenir la propagation des maladies dans les milieux de réfugiés, souvent surpeuplés.

Pendant un conflit, une résurgence de maladies évitables peut se produire lorsque les systèmes de santé s'effondrent et que les gens perdent l'accès aux soins médicaux.

Les épidémies d'infections et les maladies transmises par l'eau sont une menace courante dans les camps en raison des conditions de vie exiguës et du manque d'eau propre et d'installations sanitaires. Le HCR travaille avec ses partenaires pour vacciner les enfants contre les maladies infectieuses telles que la polio et la rougeole, ce qui réduit considérablement les taux d'infection et de mortalité.